| 明応3年 1494年 3月-日 |
| 延暦寺の根本中堂が焼亡する。 |
| 出典：『東塔五谷堂舎並各坊世譜』「根本中堂」の項（『天台宗全書』） |
| 明応3年 1494年 5月20日 |
| 蠣崎信広が上国（蝦夷国）にて死去する。 |
| 出典：『寛政重修諸家譜』巻第154「蠣崎信広」の項 |
| 明応3年 1494年 7月6日 |
| 下京で火災が発生する。四条室町より出火し、北は四条坊門、南は五条坊門、西は堀川まで焼失する。 |
| 出典：『厳助往年記』同年月日条 |
| 明応3年 1494年 8月26日 |
| 大森氏頼が死去する。 |
| 出典：- |
| 明応3年 1494年 12月27日 |
| 足利義澄が元服する。義澄が征夷大将軍となる。 |
| 出典：『厳助往年記』同年月日条 |
| 明応3年 1494年 12月27日 |
| 中務大輔となる。 |
| 出典：『御元服聞書』 |
| 明応3年 1494年 -月-日 |
| 実順が生まれる。 |
| 出典：『大谷本願寺通紀』巻第2「歴世宗主伝第二」 |
| 明応3年 1494年 -月-日 |
| 子・実順が生まれる。 |
| 出典：『大谷本願寺通紀』巻第2「歴世宗主伝第二」 |
| 明応4年 1495年 -月-日 |
| 三条公頼が生まれる。 |
| 出典：『系図纂要』「三条」 |
| 明応4年 1495年 -月-日 |
| 六角定頼が生まれる。 |
| 出典：- |
| 明応4年頃 1495頃年 -月-日 |
| 三原紹心が生まれる。 |
| 出典：- |
| 明応4年 1495年 8月2日 |
| 勝如が死去する。 |
| 出典：『大谷本願寺通紀』巻第1「歴世宗主伝第一」 |
| 明応4年 1495年 9月18日 |
| 大内政弘が死去する。 |
| 出典：- |
| 明応4年 1495年 11月6日 |
| 柳原資定が生まれる。 |
| 出典：『系図纂要』「柳原」 |
| 明応4年 1495年 11月22日 |
| 長谷寺で火災が発生する。観音堂・観音堂本尊・十三重塔・新宮・鐘楼・愛染堂・登廊・潅頂堂・本堂・三重塔・一切経蔵・炎魔堂・公坊が焼失する。二王堂・食堂・客坊は焼失を免れる。 |
| 出典：『大乗院寺社雑事記』同年月日条 |
| 明応4年 1495年 -月-日 |
| 北条早雲が大森実頼の湯坂城（相模国）を攻め、同城を落とす。 |
| 出典：『関八州古戦録』巻1「北条早雲庵父子附氏綱菩提所建立之事」 |
| 明応4年 1495年 -月-日 |
| 子・公頼が生まれる。 |
| 出典：『系図纂要』「三条」 |
| 明応4年 1495年 -月-日 |
| 実孝が生まれる。 |
| 出典：『大谷本願寺通紀』巻第2「歴世宗主伝第二」 |
| 明応4年 1495年 -月-日 |
| 子・実孝が生まれる。 |
| 出典：『大谷本願寺通紀』巻第2「歴世宗主伝第二」 |
| 明応5年? 1496?年 -月-日 |
| 土佐光茂が生まれる。 |
| 出典：- |
| 明応5年 1496年 -月-日 |
| 松平乗勝が生まれる。 *『寛政重修諸家譜』巻第9「松平乗勝」の項の没年・享年記載より逆算。 |
| 出典：『寛政重修諸家譜』巻第9「松平乗勝」の項 |
| 明応5年 1496年 -月-日 |
| 三浦義意が生まれる。 |
| 出典：- |
| 明応5年 1496年 1月18日 |
| 尋尊のもとに東坊城和長が草案した長谷寺勧進帳が到来する。 |
| 出典：『大乗院寺社雑事記』同年月日条 |
| 明応5年 1496年 1月-日 |
| 蓮如が山科の院居所（南殿）を構え、同地に居す。 |
| 出典：『大谷本願寺通紀』巻第1「歴世宗主伝第一」 |
| 明応5年 1496年 2月18日 |
| 尋尊が長谷寺観音像の差図作成を大輔法眼清賢に命じる。高野紙7帖を貼り継ぎ、上下3丈8尺5寸、横1丈5尺の紙に描かせる。また、長谷寺使節として東照院・経蔵坊がやってきて、1.仏師の件、2.釿始の件、3.御衣木加治の件、4.執行進退の件について尋尊に問い合わせる。使節には清賢の代官である泰弘が対応する。返答として1については椿井舜覚とすること、2については建治の例をもとに4月17日が吉日であること、3については先例に従い導師は内山上乗院僧正とすること、4については先に五師を補任したので問題がなければそのままとすることを返答する。 |
| 出典：『大乗院寺社雑事記』同年月日条 |
| 明応5年 1496年 2月23日 |
| 越智家栄が春日社に参詣する。 |
| 出典：『大乗院寺社雑事記』同年月日条 |
| 明応5年 1496年 2月25日 |
| 長谷寺観音像の差図が完成する。高野紙430枚を、上下に43枚ずつ、横に10枚ずつ貼り継ぎ、高さ3丈8尺5寸、横1丈5尺、本尊の像高2丈6尺となる。差図を描いた大輔法眼に100疋（1貫）を尋尊が下行する。 |
| 出典：『大乗院寺社雑事記』同年月日条 |
| 明応5年 1496年 2月28日 |
| 長谷寺新宮の遷座が行われる。 |
| 出典：『大乗院寺社雑事記』同年月29日条 |
| 明応5年 1496年 閏2月9日 |
| 長谷寺の観音像の差図を長谷寺に入れる。 |
| 出典：『大乗院寺社雑事記』同年月日条 |
| 明応5年 1496年 閏2月11日 |
| 奈良（大和国）で細川政元が10日に摂津国に下向したと噂される。 |
| 出典：『大乗院寺社雑事記』同年月11日条 |